13 Ocak 1909'da 3.Ordu'ya bağlı Selânik Redif Fırkası'nın Kurmay Başkanı oldu ve 13 Nisan 1909'da Meşrutiyete karşı başlayan 31 Mart Hadisesi'ni bastırmak üzere Selânik ve Edirne'den yola çıkarak Mirliva Mahmut Şevket Paşa komutasında 19 Nisan 1909'da İstanbul'a girecek olan Hareket Ordusu'na bağlı birinci kademe birliklerinin kurmayı başkanı oldu. Daha sonra 3.Ordu Kurmaylık, 3.Ordu Subay Talimgâhı Komutanlık, 5.Kolordu Kurmaylık, 38.Piyade Alay Komutanlık görevlerinde bulundu.

Mustafa Kemal Bey 12-18 Eylül 1910'de Fransa'da düzenlenen Picardie Manevraları'na gönderildi ve deneme uçuşuna davet edildiyse de korkundan uçağa binemedi ve hayat boyunca binmeyecekti. Dönüşte 27 Eylül 1911'de İstanbul'da Genelkurmay Karargâhında görev aldı.